Je ne sais pas pourquoi, mais c'est l'ajout des ppa donné par Devil505 ici qui mettait le bazar dans tout ça.
Je me suis rendu compte qu'en les supprimant via le software-properties-gtk, je retrouvai la liste des pilotes avec au choix les propriétaires et les libres.
Alors que si je les ajoutait, je me retrouvais avec uniquement les pilotes libres comme choix dans la liste, ceux là même qui faisait planter l'interface graphique quand je voulais les selectionner (je ne sais pas si c'est très clair..)
bon, je me suis rendu compte de ça après finalement une réinstallation de Loki, et tout roule pour l'instant.
J'ai installer le drivers nvidia propriétaire comme proposé ici : http://forum.elementaryos-fr.org/topic/2148-installer-le-driver-proprio-nvidia/, et tout roule maintenant.
Ma question des paramètres système tient toujours par contre. =)
Apache's post in nvidia et optimus : impossible de mettre les pilotes à jour was marked as the answer